Δεν έφθαναν οι συγχωνεύσεις των νοσοκομείων, οι πιθανές εφεδρείες και οι γενικότερες μειώσεις μισθών, άλλο ένα πρόβλημα ήρθε να προστεθεί στα τσέπες των νοσοκομειακών γιατρών. Σύμφωνα με τον Πρόεδρο της Ομοσπονδίας τους (ΟΕΝΓΕ) Δημήτρη Βαρνάβα είναι πολύ πιθανό να μην καταβληθούν οι εφημερίες στις 27 Οκτωβρίου όπως προβλέπεται κανονικά, εξαιτίας έλλειψης κονδυλίων αλλά και απεργιών που πραγματοποιούν οι εργαζόμενοι στην Ενιαία Αρχή Πληρωμών.
Το πρόβλημα εντείνεται από πρόσφατη εγκύκλιο του υφυπουργού Οικονομικών Γ. Σαχινίδη με την οποία επιβάλλεται πια έλεγχος των εφημεριών από το ελεγκτικό συνέδριο αλλά και από το γεγονός πως οι λογαριασμοί που περιλαμβάνουν τα κονδύλια για τις εφημερίες εμφανίζονται άδειοι.
Η ηγεσία του υπουργείου Υγείας πάντως νίπτει τας χείρας της επισημαίνοντας πως αυτό αποτελεί πρόβλημα γραφειοκρατικό και άπτεται του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους.