Τα προβλήματα δικτύου δεν παρουσιάζονταν μόνο στην αρχή της λειτουργίας του. Ακόμη και σήμερα το σύστημα «πέφτει» καθημερινά. Χαρακτηριστικό είναι ότι τα τελευταία 24ωρα -όπως καταγγέλλουν και τα μέλη του Πανελλήνιου Φαρμακευτικού Συλλόγου (ΠΦΣ) – το δίκτυο είναι υπό κατάρρευση και ουσιαστικά η ηλεκτρονική συνταγογράφηση δε λειτουργεί.
Το σύστημα άρχισε να παρουσιάζει ακόμη περισσότερα προβλήματα εξαιτίας και της ένταξης της δραστικής ουσίας μέσα στο δίκτυο.
Όπως αναφέρει ο ΠΦΣ: «Η Ηλεκτρονική συνταγογράφηση με την – κατ΄ ευφημισμό -εφαρμογή της Δραστικής ουσίας δεν λειτουργεί ουσιαστικά. Προβλήματα Δικτύου, Τιμών, υπολογισμού συμμετοχών, έχουν δημιουργήσει μία ανεπίτρεπτη κατάσταση, με αποτέλεσμα την ταλαιπωρία των ασφαλισμένων».
Και επειδή οι ουρές στα φαρμακεία αυξάνονται εξαιτίας των καθυστερήσεων που προκαλούνται για την εγγραφή των φαρμάκων στο ηλεκτρονικό σύστημα, ο Πανελλήνιος Φαρμακευτικός Σύλλογος για τη διευκόλυνση του ασφαλισμένων έχει δώσει οδηγία στους φαρμακοποιούς για χειρόγραφη εκτέλεση των συνταγών όταν παρουσιάζονται παρόμοια προβλήματα που καθιστούν ανέφικτη την ουσιαστική λειτουργία της Ηλεκτρονικής Συνταγογράφησης.