Κορωνοϊός: Η Όμικρον έφτασε από το μηδέν στο 35% σε μία εβδομάδα στην Αττική

Η παραλλαγή Όμικρον που έχει δημιουργήσει ο νέος κορωνοϊός και η οποία προκαλεί πλέον δεκάδες χιλιάδες κρούσματα πρωτοεμφανίστηκε στην Αττική μόλις στις 20 Δεκεμβρίου 2021, αναφέρουν από το Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ).

Η εξάπλωσή της στη συνέχεια ήταν ραγδαία και πριν καλά-καλά περάσει μία εβδομάδα, αντιπροσώπευε το σχεδόν 35% του ιικού φορτίου. Τις τελευταίες ημέρες, έχει αυξηθεί ακόμα περισσότερο, εκτοπίζοντας την παραλλαγή Δέλτα που επικρατούσε έως τα μέσα Δεκεμβρίου.

Αυτά είναι συνοπτικά τα συμπεράσματα από τις αναλύσεις των λυμάτων του λεκανοπεδίου που πραγματοποίησαν οι ειδικοί του ΕΚΠΑ. Οι επιστήμονες χρησιμοποίησαν μία προηγμένη μοριακή μεθοδολογία η οποία έδειξε ότι:

• Μέχρι τις 15 Δεκεμβρίου στο λεκανοπέδιο επικρατούσε σε ποσοστό άνω του 99% η παραλλαγή Δέλτα
• Από τις 20 Δεκεμβρίου άρχισε να ανιχνεύεται η παραλλαγή Όμικρον
• Μέχρι τις 26 Δεκεμβρίου το ποσοστό της Όμικρον είχε φτάσει στο 34,4%

Η αύξηση ήταν ιδιαιτέρως σημαντική στις 24 Δεκεμβρίου. Έκτοτε, συνεχίζεται ακάθεκτη.

Η έρευνα

Τις αναλύσεις πραγματοποίησε ομάδα επιστημόνων με επιστημονικό υπεύθυνο τον καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα. Οι ειδικοί ανέλυσαν δείγματα από το Κέντρο Επεξεργασίας Λυμάτων της Ψυττάλειας (ΚΕΛΨ). Στα λύματα αναζητήθηκαν οι ειδικές μεταλλάξεις και οι γενετικοί δείκτες που φέρουν τα διάφορα στελέχη που έχει δημιουργήσει ο κορωνοϊός.

Σε αυτά δεν συμπεριλαμβάνονται μόνο οι παραλλαγές Όμικρον και Δέλτα, αλλά:

• Όλες οι παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC)
• Όλες οι παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI)

1 έως 15 Δεκεμβρίου 2021

Στα δείγματα του πρώτου δεκαπενθημέρου του Δεκεμβρίου διαπιστώθηκε η παρουσία ειδικών μεταλλάξεων του στελέχους Δέλτα σε ποσοστό άνω του 99% επί του συνόλου των αλληλουχιών. Επιπλέον:

• Δεν ανιχνεύθηκε ειδικοί γενετικοί δείκτες του στελέχους Όμικρον
• Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις από τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (δηλαδή τις Βήτα, Γάμμα)
• Δεν ανιχνεύθηκαν μεταλλάξεις από τις παραλλαγές υπό διερεύνηση (δηλαδή τις Μι και Λάμδα)

16 έως 26 Δεκεμβρίου 2021

Στα δείγματα του δεύτερου δεκαπενθημέρου του Δεκεμβρίου παρατηρήθηκε σημαντική αύξηση των γενετικών δεικτών του στελέχους Όμικρον. Ταυτοχρόνως διαπιστώθηκε σημαντική μείωση των αντίστοιχων δεικτών του στελέχους Δέλτα. Ειδικότερα:

• Εντοπίστηκαν ορισμένες ειδικές μεταλλάξεις της Όμικρον (G339D, S371L, S373P, K417N, N440K, G446S) σε ποσοστό 34,4%.
• Εντοπίστηκαν ορισμένες άλλες μεταλλάξεις τις Όμικρον (P681H,N856K, N969K, L981F) σε ποσοστό 7,9%.
• Δεν ανιχνεύθηκαν ειδικές μεταλλάξεις των στελεχών Βήτα, Γάμμα, Μι και Λάμδα

Πρόσθετες αναλύσεις

Περαιτέρω αναλύσεις έδειξαν ότι η παραλλαγή Όμικρον:

• Ανιχνεύεται στα δείγματα από 20 έως 23 Δεκεμβρίου
• Στα δείγματα από 24 έως 28 Δεκεμβρίου παρουσιάζει σημαντική αύξηση

Πρακτικά όλ’ αυτά σημαίνουν ότι το μεταλλαγμένο στέλεχος Όμικρον εμφανίζει «έντονη δυναμική επικράτησης» στην κοινότητα, εκτιμούν οι επιστήμονες. Επιπλέον, σταδιακώς αντικαθιστά το στέλεχος Δέλτα, το οποίο επικρατεί έως σήμερα.

Οι αναλύσεις υποδηλώνουν επίσης ότι υπάρχει «σημαντική μεταβλητότητα της ποσοστιαίας αναλογίας ειδικών μεταλλάξεων του γονιδίου S που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Spike υπογραμμίζοντας τη διαφορετική σημασία και βαρύτητα αυτών στη συμπεριφορά του ιού, καθώς και στον αξιόπιστο και ειδικό προσδιορισμό του», επισημαίνουν.

Δημοσίευση σε επιστημονικό περιοδικό

Η νέα μεθοδολογία με την οποία έγινε η ανάλυση των λυμάτων της Ψυττάλειας αναπτύχθηκε μέσω της συνεργασίας Ερευνητικών Μονάδων των Τμημάτων Βιολογίας, Ιατρικής και Χημείας του ΕΚΠΑ. Η μέθοδος ανιχνεύει και προσδιορίζει ποσοτικά τα μεταλλαγμένα στελέχη (παραλλαγές) του κορωνοϊού, χρησιμοποιώντας μοριακές μεθόδους και αλληλούχιση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).

Η μέθοδος είναι εξαιρετικά σημαντική, διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών, όπως η Όμικρον, στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει εγκαίρως (εντός 2 ημερών) τις νέες μεταλλάξεις και τα στελέχη που εισέρχονται στον πληθυσμό. Με αυτό τον τρόπο γίνεται με μεγαλύτερη ευκολία και αξιοπιστία η γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών του κορωνοϊού και άλλων παθογόνων.

Η νέα μεθοδολογία έχει δημοσιευθεί στην επιστημονική επιθεώρηση International Journal of Molecular Sciences. Επιπλέον, το ΕΚΠΑ έχει καταθέσει αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.

Η διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ που εφαρμόζει τη μεθοδολογία απαρτίζεται από τους Ανδρέα Σκορίλα, Νικόλαο Θωμαΐδη, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου,  Εύη Λιανίδου, Δημήτριο Γουργιώτη, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Λάμπρο Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριο Διαμαντόπουλο,  Μάριο Κωστάκη, Κατερίνα Κοντού, Βασίλη Καπέ, Νικόλαο Βούλγαρη και Θάνο Δημόπουλο (πρύτανη ΕΚΠΑ).

Φωτογραφία: iStock