Στην παραίτησή του ο (πρώην πια) πρόεδρος του Δ.Σ. του ΕΦΕΤ αφήνει αιχμές κατά του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων και κάνει λόγο για «αδυναμία ή μάλλον στην αδιαφορία του ΥΠΑΑΤ να εξασφαλίσει την λειτουργία του φορέα». Ο Ιωάννης Τσιάλτας αναφέρεται και στη «διαφαινόμενη βούληση να παρεκκλίνει ο φορέας από το κύριο έργο του που είναι η ασφάλεια των τροφίμων και η προστασία του καταναλωτή και της δημόσιας υγείας».
Σημαντικό ρόλο στην απόφασή του αυτή, σύμφωνα με όσο αναφέρονται στην επιστολή παραίτησης προς τον υπουργό Σταύρο Αραχωβίτη, έπαιξαν και οι εξελισσόμενοι σχεδιασμοί άλλων υπουργείων να διασπάσουν τον επίσημο έλεγχο τροφίμων και με τον τρόπο αυτόν να υπονομεύσουν όλο το έργο που έχει επιτευχθεί με την ίδρυση και λειτουργία του ΕΦΕΤ, αλλά και την εμφανή αδιαφορία της νέας πολιτικής ηγεσίας να αντιμετωπίσει το θέμα.
Ο Ιωάννης Τσιάλτας είχε υποβάλει, προφορικά, την παραίτησή του στον Σταύρο Αραχωβίτη από τις 19 Οκτωβρίου, αλλά ο υπουργός Αγροτικής Ανάπτυξης την είχε ζητήσει και γραπτώς.
«Εξαντλήθηκε και το τελευταίο ίχνος αντοχής και ανοχής μου μπροστά σε τόσο και τέτοιο ανορθολογισμό που μας γυρίζει 20 χρόνια πίσω. Και αυτό αφορά όχι μόνο τα άλλα Υπουργεία αλλά και την λειτουργία του ίδιου του ΥΠΑΑΤ. Δυστυχώς, η άγνοια και ο ερασιτεχνισμός είναι κακοί σύμβουλοι», αναφέρει μεταξύ άλλων στην επιστολή παραίτησης ο απερχόμενος πρόεδρος του ΕΦΕΤ.