Στην προσφυγή του ο Φ.Σ.Θ. επικαλείται τα ακόλουθα νομικά ζητήματα:
1) Η εξουσιοδοτική διάταξη του αρθ. 1963/1991, όπως αντικαταστάθηκε με την παρ. 18 υποπαρ. Δ12 αρθ. 2 ν. 4336/2015 είναι αντίθετη στο αρθ. 43 Σ.
2) Είναι αντίθετη σε ισχύουσες διατάξεις της φαρμακευτικής νομοθεσίας που θεσπίσθηκαν με ισχύοντες τυπικούς νόμους.
3) Δεν μπορεί να θεμελιωθεί στο αρθ. 3 ν. 1338/1983 περί «Εφαρμογής του Κοινοτικού Δικαίου», το οποίο αφορά την εισαγωγή και εφαρμογή του Ενωσιακού δικαίου στην Ελλάδα, που δεν συμβαίνει εν προκειμένω.
4) Είναι αντίθετη στην ελευθερία εγκατάστασης που ισχύει δυνάμει του δικαίου της Ε.Ε.
5) Παραβιάζει τη συνταγματική αρχή της ίσης μεταχείρισης που αποτελεί και γενική αρχή του δικαίου της Ε.Ε. και
6) Είναι αντίθετη στα αρθ. 21 και 5 παρ. 5 Σ που κατοχυρώνουν το ατομικό και κοινωνικό δικαίωμα προστασίας της υγείας του ατόμου και θέτει σε άμεσο κίνδυνο τη δημόσια υγεία.