Η τροπολογία έχει προκαλέσει μετωπική σύγκρουση μεταξύ της κυβέρνησης και της αντιπολίτευσης που κάνει λόγω για «δωράκι» στις φαρμακευτικέςεταιρείες. Ο υπουργός Υγείας Ανδρέας Ξανθός σε υψηλούς τόνους απαντά ότι «η κυβέρνηση έχει δώσει δείγματα γραφής και οι πολίτες ξέρουν ποιοι έκαναν δωράκια…». Υποστηρίζει δε ότι με το νέο τρόπο τιμολόγησης «δημιουργείται ένα νέο τοπίο στον τομέα του φαρμάκου και η νέα διαδικασία τιμολόγησης από τον ΕΟΦ είναι απολύτως διαφανής» και «για πρώτη φορά δεν γίνονται διαβουλεύσεις πίσω από κλειστές πόρτες αλλά πάνω στο τραπέζι».
«Εμείς δεν έχουμε συμβούλους για τους οποίους όλος ο κόσμος ήξερε ότι είχαν σχέση με τη φαρμακοβιομηχανία. Για να τελειώσουμε και με τα δωράκια!» ανέφερε ο κ. Ξανθός και υποστήριξε ότι «σε 2.000 φάρμακα θα μειωθούν οι τιμές, σε άλλα 2.000 αυξάνεται κι έχουμε υπολογίσει ότι δεν υπάρχει μεσοσταθμικά αλλαγή ισοζυγίου». Ο υπουργός μάλιστα χαρακτηρίζει την κριτική ειδικά της ΝΔ ως «κοροϊδία προκλητική και θρασύτατη».
Στον αντίποδα η ΝΔ υποστηρίζει ότι αλλάζει ουσιαστικά ο τρόπος τιμολόγησης φαρμάκων. Μέχρι σήμερα η τιμή τους καθοριζόταν με βάση τον μέσο όρο των τριών φθηνότερων τιμών χωρών της ΕΕ. Με την τροπολογία αυτή για πρώτη φορά επιτρέπεται αύξηση έως 10%. Η αύξηση αυτή επιβάλλεται σε ετήσια βάση και μέχρις ότου οι τιμές στα φάρμακα στην Ελλάδα φτάσουν στον μέσο όρο της τιμής των δύο φθηνότερων χωρών της ΕΕ. Οι αυξήσεις αυτές θα έχουν σαν άμεσο αποτέλεσμα να αυξηθεί και το ποσό που πληρώνουν οι ασφαλισμένοι στο πλαίσιο της συμμετοχής τους, την ώρα που τα μη συνταγογραφούμενα φάρμακα (ΜΗΣΥΦΑ), τον τελευταίο χρόνο έχουν πάρει πολύ μεγαλύτερες αυξήσεις. Επισημαίνουν μάλιστα ότι με το σύστημα που ίσχυε η χώρα μας αποτελούσε χώρα αναφοράς για τον καθορισμό της τιμής των φαρμάκων σε άλλες 55 χώρες. Κατά συνέπεια, μια υψηλή τιμή στη χώρα μας εξασφάλιζε αυξημένα κέρδη σε άλλες 55 χώρες για τις εταιρίες, οι οποίες 55 χώρες συνιστούν και τη μεγαλύτερη αγορά.
Ο υπουργός Υγείας Ανδρέας Ξανθός ότι δεν θα υπάρξει καμία σημαντική επιβάρυνση στους ασφαλισμένους καθώς ήδη εκατοντάδες ανασφάλιστοι, μόνο με τον ΑΜΚΑ τους προμηθεύονται τα φάρμακά τους και το 1/3 από αυτούς με μηδενική συμμετοχή. εμμέσως πάντως παραδέχεται την επιβάρυνση που θα επέλθει, λέγοντας ότι «θα έχουμε κάποιες πρώτες ανακουφιστικές παρεμβάσεις όταν μας το επέτρεψε το δημοσιονομικό πλαίσιο. Θα προσπαθήσουμε να τις ενισχύσουμε και γι’ αυτούς που παίρνουν γενόσημα, που θεραπεύονται με χρόνια φάρμακα που ανήκουν στο 10%, και μειώνοντας την επιβάρυνση 1 ευρώ ανά συνταγή και μηδενίζοντας τη συμμετοχή των καρκινοπαθών στα συμπληρωματικά φάρμακα της νόσου».