Το υπουργείο Υγείας επικροτεί την έναρξη της νέας διαδικασίας ελέγχου και τελικής εκκαθάρισης υποβολών των παρόχων από τον ΕΟΠΥΥ, καθώς «αποτελεί μια δράση και παρέμβαση βελτίωσης της λειτουργίας ολόκληρης της αλυσίδας παροχής δημόσιων υπηρεσιών υγείας προς όφελος των πολιτών».
Σύμφωνα με την ηγεσία του ΥΥΚΑ, με τη συγκεκριμένη δράση, επιλύθηκε ένα πρόβλημα ιδιαίτερα περίπλοκο, που καμία κυβέρνηση ως σήμερα δεν είχε τολμήσει να το αγγίξει ολοκληρωμένα, δηλαδή να δώσει λύση στην διαδικασία εκκαθάρισης των νέων υποβολών των παρόχων και ταυτόχρονα να διαχειριστεί με επιτυχία το τεράστιο θέμα των παρελθοντικών, «παλαιών» υποβολών που συσσωρεύονταν και λίμναζαν ως μη διαχειρίσιμα αρχεία (τόνοι χαρτιού τοποθετημένων σε κούτες), στις αποθήκες του Οργανισμού.
Η ελλιπής προσπάθεια που έγινε αναφορικά με την εκκαθάριση των παλαιών υποβολών (έτους 2013) από Ιδιωτικές Ελεγκτικές Εταιρείες (το 2014) δεν ολοκληρώθηκε. Η έλλειψη αποτελεσματικής παρέμβασης και η σχεδόν παντελής έλλειψη δράσης, υπονόμευε την αξιοπιστία του ΕΟΠΥΥ και ανατροφοδοτούσε το πρόβλημα έως σήμερα.
Το σύστημα εκκαθάρισης υποβολών των παρόχων είχε αφεθεί στην τύχη του και οι πάροχοι λάμβαναν το 90% των απαιτήσεών τους με πρόχειρο λογιστικό έλεγχο, χωρίς τον οποιοδήποτε ουσιαστικό έλεγχο δηλαδή, ενώ για το υπόλοιπο 10% ανέμεναν την τελική εκκαθάριση, η οποία όμως ουδέποτε πραγματοποιήθηκε στο παρελθόν.