Iatropedia

Κορονοϊός: Πόσο αξιόπιστες είναι οι αναλύσεις RT-PCR για την ανίχνευση υπομεταλλάξεων

Η πανδημία της COVID-19 έχει υπογραμμίσει τη σημασία για τη σωστή διαδικασία προσυμπτωματικού ελέγχου.

Οι Ιατροί της Θεραπευτικής Κλινικής της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Ροδάνθη Ελένη Συρίγου, Γιάννης Ντάνασης, Πάνος Μαλανδράκης, και Θάνος Δημόπουλος (Πρύτανης ΕΚΠΑ) συνοψίζουν τα δεδομένα της πρόσφατης δημοσίευσης του Gilmar Reis και συνεργατών στην έγκριτη επιστημονική επιθεώρηση Nature με θέμα την αξιολόγηση της αξιοπιστίας των αναλύσεων RT-PCR για την ανίχνευση υπομεταλλάξεων του SARS-CoV-2.

Η αποτελεσματικότητα ανίχνευσης των πρόσφατων ανησυχητικών υπομεταλλάξεων του στελέχους Όμικρον παρατηρήθηκε συγκρίνοντας 5 εμπορικά κιτ αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης αντίστροφης μεταγραφής RT-PCR και μια μέθοδο SYBR-green που αναπτύχθηκε και επικυρώθηκε στο εργαστήριο των ερευνητών.

Το RNA εξήχθη από ρινοφαρυγγικά δείγματα από ύποπτους ασθενείς με COVID-19 και πραγματοποιήθηκε ανάλυση RT-PCR σύμφωνα με τις οδηγίες των αντίστοιχων κατασκευαστών.

Η μελέτη αυτή ανέδειξε μια στατιστικά σημαντική διαφορά στην τιμή Ct (αριθμός κύκλων θετικότητας) για κοινά γονίδια στόχους που υπάρχουν στα κιτ RT-PCR COVID-19 σε σχέση με διαφορετικές υπομεταλλάξεις του SARS-CoV-2.

Τα πρόσφατα στελέχη ανησυχίας περιέχουν περισσότερες από 30 μεταλλάξεις στην πρωτεΐνη ακίδα, συμπεριλαμβανομένων 2 μεταλλαγών διαγραφής και μιας μοναδικής μετάλλαξης εισαγωγής με την οποία καθιστά δύσκολη την ανίχνευση αυτών των παραλλαγών και διευκολύνει τις παραλλαγές να διαφύγουν από την ανίχνευση.

φωτό: iStock